Pangeran Notokusumo diangkat sebagai Adipati Pakualaman I, memimpin Kadipaten Pakualaman yang lebih independen di bawah pengaruh Inggris.
Kejadian ini juga mengakibatkan pengurasan kekayaan materi dan intelektual Keraton Yogyakarta, dengan banyak naskah sejarah dan kebudayaan Jawa dibawa ke Inggris.
Inggris juga menerapkan kebijakan ekonomi yang menguntungkan mereka di wilayah yang mereka kuasai.
Termasuk pengelolaan pajak dan sistem hukum yang berdualisme antara hukum Islam dan kolonial.
Meskipun Geger Sepoy adalah sebuah kekalahan bagi Yogyakarta, namun juga menjadi titik awal dari era baru di bawah kekuasaan Inggris di Tanah Mataram.
Untuk mengenang peristiwa ini, Prasasti Geger Sepoy dibangun di Kampung Ketelan, Wijilan, Yogyakarta.
Adanya prasasti Geger Sepoy ini sebagai penghormatan terhadap perjuangan rakyat Jawa melawan penjajahan Barat pada masa lalu.***