Trunojoyo awalnya menjadi tahanan VOC yang diletakkan di Batavia. Namun, Amangkurat II memutuskan untuk menikam Trunojoyo dengan kerisnya sebagai hukuman atas pemberontakannya.
Pembunuhan keji tersebut dilakukan Amangkurat II saat melakukan kunjungan seremonial ke kediaman bangsawan di desa bernama Payak, Jawa Timur, pada 2 Januari 1680.
Meninggalnya Raden Trunojoyo membuat pemberontakan terhadap Kerajaan Mataram secara resmi berakhir.***