2. Pernikahan dengan Nyai Ummu Rahma
Nyai Ummu Rahma, istri kedua Syekh Kholil Bangkalan, berasal dari Kemayoran, Labang Buta.
Dari pernikahan ini, mereka memiliki seorang putri, Nyai Rahma, yang kemudian menikah dengan Kiai Muhammad Bakri.
Mereka memiliki dua anak yakni Busri dan Nyai Saudah.
Nyai Rahma kemudian menikah lagi dengan H. Muhammad Hosen, dan dari pernikahan ini, mereka memiliki putri bernama Minnah, yang menikah dengan H. Muhammad Nafi’.
Mereka memiliki tiga putri yakni Nyai Nahlah, Nyai Jamilah, dan Nyai Aminah.
3. Pernikahan dengan Raden Ayu Arbi’ah
Raden Ayu Arbi’ah adalah istri ketiga Syekh Kholil dari Longapan, Kemayoran.
Mereka dikaruniai dua anak yakni Ahmad Baidhowi dan Muhammad Imron.
Ahmad Baidhowi meninggal saat bayi, sementara Muhammad Imron menikahi Nyai Mutmainnah dan memiliki lima anak.
Muhammad Imron juga menikah dengan Nyai Maimunah dan memiliki empat anak.
4. Pernikahan dengan Nyai Mesi
Nyai Mesi, istri Syekh Kholil Bangkalan dari Sumur Kepek Labang Bangkalan, memberikan Syekh Kholil seorang putri bernama Nyai Asma.