Senopati ing Ngalogo kemudian bergelar Panembahan Senopati dan tidak menggunakan gelar Sultan sebagai bentuk penghormatan.
Ia memimpin hingga tahun 1601, dan kepemimpinan dilanjutkan oleh putranya, Raden Mas Jolang yang bergelar Susunan Adi Prabu Hanyakrawati.
Raden Mas Jolang wafat pada tahun 1613 saat berburu di daerah Krapyak dan digantikan oleh putranya, Pangeran Rangsang yang bergelar Sultan Agung.
Sultan Agung menjadi salah satu raja terbesar Mataram, terkenal karena memerangi Belanda dua kali di Batavia pada tahun 1628 dan 1629.
Pemerintah Republik Indonesia mengangkatnya sebagai pahlawan nasional.
Sultan Agung juga memadukan kalender Saka dan Hijriyah menjadi kalender Jawa Islam yang dimulai dari tanggal 1 Suro.
Sultan Agung wafat pada tahun 1646 dalam usia 53 tahun.
Setelah Sultan Agung, Mataram mengalami berbagai perubahan dan perpecahan.
Amangkurat I, putra Sultan Agung, bekerjasama dengan Belanda dan sering berselisih dengan putra mahkota yang kelak menjadi Amangkurat II.
Puncak perselisihan ini berujung pada pemberontakan Trunojoyo yang berhasil menggempur istana Mataram pada tahun 1677.
Amangkurat II kemudian bekerjasama dengan VOC Belanda untuk mengalahkan Trunojoyo.