Kerajaan Tidore mendukung Spanyol, sedangkan Kerajaan Ternate bersekutu dengan Portugis, memicu konflik yang panjang.
Pada tahun 1529, perjanjian yang dihasilkan memaksa Spanyol untuk meninggalkan Maluku dan fokus pada Filipina.
3. Belanda (1602-1942)
Belanda adalah penjajah terlama di Indonesia, menguasai Nusantara selama 346 tahun.
Setelah mengalahkan Portugis, Belanda mendirikan VOC di Batavia pada tahun 1602.
Selama masa kolonialisasi, Belanda menerapkan sistem tanam paksa yang keras.
Penjajahan Belanda berakhir pada Maret 1942, saat mereka kalah dari Jepang dalam Perang Dunia II.
4. Prancis (1806-1811)
Kendati sering terlupakan, Prancis pernah menjajah Indonesia pada masa kekacauan VOC Belanda.
Pada tahun 1806, Raja Louis Napoleon mengirim Marsekal Daendels ke Batavia, yang kemudian mengibarkan bendera Perancis di wilayah yang sebelumnya dikuasai VOC.
Pemerintahan Daendels yang keras menuai banyak kecaman, dan ia digantikan oleh Janssens.
Kekalahan Prancis dari Inggris pada tahun 1811 menandai akhir penjajahan Perancis di Indonesia.