Salah satu peristiwa penting pada masa pemerintahannya adalah pergantian kekuasaan sementara oleh kakek buyutnya, Sri Sultan Hamengku Buwono II, pada tahun 1826-1828.
Pergantian kekuasaan ini ini dilakukan untuk menjaga stabilitas politik di Yogyakarta. Terlebih, saat itu terjadi Perang Jawa yang dipimpin oleh Pangeran Diponegoro saat melawan tentara Belanda.
Kepemimpinan Sultan HB II cukup berpengaruh yang akhirnya berakhir setelah sang raja wafat pada 3 Januari 1828 dan kepemimpinan kembali dialihkan penuh kepada Sultan HB V.
Kepemimpinan Sultan HB V pun penuh dengan tantangan hingga menjadi polemik karena dianggap tunduk pada Belanda.
Banyak tanah milik Keraton Yogyakarta yang disewakan kepada orang Eropa, hingga tingginya pajak dan muncul wabah penyakit serta kondisi gagal panen yang bertubi-tubi menjadi masalah yang harus dihadapi pada masa pemerintahan Sultan HB V.
Terlebih sikap pegawai kolonial Belanda yang melenceng dari adat istiadat keraton hingga menularkan gaya hidup Eropa kepada warga pribumi.
Pada masa kepemimpinan Sultan HB V juga terjadi Perang Jawa yang dipimpin Pangeran Diponegoro yang menewaskan lebih dari 200.000 penduduk Jawa dan lebih dari 8.000 tentara Belanda.
Perang Jawa pun berakhir pada 1830 dan situasi di Keraton Yogyakarta berangsur-angsur lebih stabil.
Namun, Sri Sultan Hamengku Buwono V menuai polemik karena lebih mendekatkan hubungan Keraton Yogyakarta dengan pemerintah Hindia-Belanda.
Bukan tanpa alasan, maksud Sultan HB V mendekati Belanda sebagai taktik atau perlawanan tanpa adanya perang dan menghindari pertumpahan darah.
Sri Sultan HB V juga berharap dengan mendekatkan hubungan Keraton Yogyakarta dengan pemerintahan Belanda akan ada kerja sama yang saling menguntungkan yang bisa membawa kesejahteraan bagi rakyat Yogyakarta.