Akhirnya VOC mengirimkan pasukan untuk menangkap Pangeran Trunojoyo dan salah satu yang memimpinnya adalah Kapitan Jonker yang bertugas di wilayah darat.
Dilansir SketsaNusantara.id dari kanal YouTube @QJF Official, saat itu, Kapitan Jonker memimpin pasukan besar yang terdiri dari orang Maluku, Makassar, Bugis, dan juga Mardijker.
Sebelum rencana untuk melakukan perang dengan Pangeran Trunojoyo, VOC menggunakan cara perdamaian untuk membujuknya agar menyerahkan diri baik-baik, namun tawaran itu ditolak.
Kapitan Jonker beserta pasukannya akhirnya dikirim dengan menyiapkan pasukan khusus dengan kekuatan 75 orang Ambon dibawah komando Panglima J.Couper.
Pertempuran berlangsung sengit hingga pasukan Trunojoyo harus menerima banyak kekalahan dan semakin terdesak di sekitar lereng Gunung Kelud.
Lambat laun, beberapa pasukan dari pihak Trunojoyo dibujuk oleh Kapitan Jonker untuk tetap tenang serta tidak melawan, hal itu ternyata berhasil dan mereka lebih memilih menyerah kepada Kapitan Jonker daripada menyerah pada Mataram.
Keadaan Pangeran Trunojoyo semakin sulit dan Kapitan Jonker terus mengepungnya hingga pada akhir Desember tahun 1679 dimana pangeran dan pasukannya itu menyerahkan diri.
Kapitan Jonkerpun membawa Pangeran Trunojoyo sebagai tawanan dan menyerahkannya kepada J.Couper tanpa menyakitinya sesuai dengan perjanjian.
Tetapi, Amangkurat II meminta Kapitan Jonker membawa Pangeran Trunojoyo ke hadapannya untuk dibunuh dengan keris di Payak pada 2 Januari tahun 1680.***