Kemenangan Trunojoyo membuat ia berhasil untuk menguasai Surabaya yang merupakan kota pelabuhan terbesar di Jawa Timur dan membakar kota lain seperti Cirebon, Gresik, dan Jepara.
Atas kemenangan Trunojoyo, Amangkurat I terpaksa melarikan diri ke Plered menuju timur namun meninggal di Tegalwangi.
Setelah itu, kekuasaan Kerajaan Mataram digantikan oleh Amangkurat II dan perlawanan dari Raden Trunojoyo belum meredam karena ia tidak memenuhi kesepakatan untuk memberikan kekuasaan kepada Pangeran Adipati Anom atau Amangkurat II.
Akhirnya Amangkurat II meminta tolong kepada VOC untuk meredamkan perlawanan dari Raden Trunojoyo.
Pasukan dari Trunojoyo akhirnya dikalahkan oleh pasukan VOC yang bergabung dengan Mataram dan Bugis.
Pada akhirnya, Trunojoyo ditangkap oleh VOC di Ngantang dan mati di tangan Amangkurat II yang saat itu ditusuk dengan keris.
Diketahui saat ini makamnya berlokasi di Jl. Raya Kesambi No.6, Dusun Kesambi, Kesambi, Kec. Porong, Kabupaten Sidoarjo.***