Sampai kemudian setelah beberapa lama, ia dipanggil oleh seorang ulama besar dari Loloan, Bali, Datuk Kiai Haji Mochammad Said. Atas panggilan itu ia menyeberang ke Loloan Bali.
Di sana ia berdakwah dengan cara dakwah yang bisa diterima oleh masyarakat Bali, bahkan yang dari non muslim. Untuk itu masyarakat Islam dan Hindu disana dapat hidup berdampingan, membaur dengan penuh toleransi dan damai.
Hingga pada tahun 1935 ia mendirikan Pondok Pesantren Syamsul Huda yang kini banyak mencetak ribuan ulama dari seluruh pelosok tanah air.
Habib Ali bin Umar Bafaqih akhirnya wafat pada 27 Februari 1997 di Loloan Barat, Jembrana, Bali pada usia 107 tahun.
Namun sebelum wafat ia sempat membaiat Habib Luthfi Bin Yahya untuk menjalankan Thariqah Qadiriyah.
Sementara itu setelah wafat Habib Ali bin Umar Bafaqih kemudian dimakamkan di area Pondok Pesantren Syamsul Huda, Loloan Barat, Kecamatan Negara, Kabupaten Jembrana, Bali.
Hingga kini, makamnya selalu diziarahi banyak orang dari berbagai pelosok tanah air. Makam Habib Ali bin Umar Bafaqih juga menjadi penanda adanya Wali Pitu di Pulau Dewata, serta bukti damainya dakwah Islam di Bali.***