Dari sana, ia pergi ke Jembrana dan mengajarkan Agama Islam di sana. Tempat yang digunakan adalah langgar, musholla, dan masjid di Kelurahan Loloan Timur dan Kelurahan Loloan Barat.
Baca Juga: Kehilangan Banyak Lini Tengah, Bali United Datangkan 2 Pemain Anyar Salah Satunya Eks PSM Makassar
Habib Ali bin Umar Bafaqih juga menyebarkan Agama Islam di berbagai desa di Jembrana Desa Tegal Badeng, Desa Cupel, Desa Baluk, Desa Tukadaya, Desa Banyubiru, Desa Pengambengan, Desa Melaya, Desa Air Kuning, dan Desa Medewi.
Sebagai bagian dari dakwahnya, ia mendirikan sebuah pengajian kecil. Pengajian itu diberi nama Syamsul Huda pada tahun 1928, di Loloan Barat, Negara, Bali.
Pengajian kecil itu rupanya dapat berkembang pesat dengan dukungan dari pihak dermawan.
Sampai akhirnya Habib Ali bin Umar Bafaqih bisa mendirikan sebuah pondok pesantren di Kampung Kerobokan, Kelurahan Loloan Barat, Kecamatan Negara, tahun 1935.
Ia menghabiskan masa hidupnya di wilayah tersebut. Sampai pada usia 117 tahun, Habib Ali bin Umar Bafaqih dinyatakan wafat.
Habib Ali bin Umar Bafaqih wafat pada 27 Februari 1999. Melansir dari YouTube 7im9, lokasi makam yang digadang-gadang keramat ini ada di Kelurahan Loloan Barat, Kecamatan Negara, Bali.***