Lalu, ia sukses membebaskan rakyat Bone dari Kerajaan Gowa dan membawanya pulang ke Bugis.
Adanya pelarian tersebut, Raja Gowa akhirnya marah lalu ia menyerbu Bone dan Arung Palakka nyaris terbunuh.
Arung Palakka tetap melanjutkan pelariannya ke Buton untuk berlindung di sana sekitar 3 tahun.
Pada tahun 1663, ia ke Batavia untuk meminta bantuan VOC membebaskan Kerajaan Bone dan Soppeng dari kekejaman Kerajaan Gowa.
Saat Perang Makassar meletus, Arung Palakka menjadi Panglima Perang pasukan Bone-Soppeng dan bekerja sama dengan VOC yang pada saat itu dipimpin oleh Cornelis Janszoon Speelman untuk melawan Kerajaan Gowa pimpinan Sultan Hasanuddin.
Arung Palakka diberi gelar Tounru' atau Toappaunru yang merupakan tanda berakhirnya Perang Makassar dan berhasil menaklukkannya.
Ia berhasil diangkat menjadi Raja Bone. Selama ia menjadi Raja Bone, kerajaan tersebut mengalami puncak kejayaan.
Pada tahun 1696 ia wafat di Bontoala dan diberi gelar Matinroe ri Bontoala' yang artinya yang wafat di Bontoala.***