Beberapa di antaranya yang menjadi korban adalah Tumenggung Wiraguna hingga Pangeran Alit, adiknya sendiri dan Pangeran Pekik, ayah mertuanya.
2. Kerjasama dengan Belanda dan VOC
Pada pemerintahan Sultan Agung, Kerajaan Mataram Islam selalu berjuang melawan Belanda yang ingin menguasai wilayahnya.
Namun, sepeninggalan Sultan Agung, Amangkurat I justru menjalin hubungan dekat Belanda.
Ia bahkan kerjasama dengan VOC dengan maksud ingin mendapat keuntungan ekonomi dari perdagangan rempah-rempah.
Sikapnya yang bekerjasama dengan Belanda ini memicu kemarahan rakyat yang dianggap sebagai pengkhianatan terhadap upaya Kerajaan Mataram Islam dalam perjuangan melawan penjajah sepeninggalan Sultan Agung.
3. Membunuh Ribuan Ulama
Kebijakan Amangkurat bekerjasama dengan Belanda pun menuai pertentangan dari berbagai pihak mulai dari rakyat Mataram, bangsawan hingga para ulama.
Amangkurat I dinilai sebagai raja yang zalim sehingga adiknya sendiri yakni Pangeran Alit ingin menggulingkannya dari tahta kerajaan.
Namun, niatan tersebut digagalkan sang raja dengan membasmi semua kelompok yang mendukungnya termasuk para ulama.
Pada tahun 1648, Amangkurat melakukan pembunuhan massal dengan melibas sekitar 6.000 ulama beserta santri dan anggota keluarganya.
Pembunuhan massal ribuan ulama ini dilatarbelakangi oleh ketegangan antara raja dengan para ulama terkait dengan kebijakan-kebijakan Amangkurat I yang dianggap menyimpang dari ajaran Islam.