Di masa pasca Kemerdekaan, hubungan dengan Bung Karno merenggang karena sering mengkritik kebijakannya melalui Partai Murba.
Akibatnya, ia mesti menanggung konsekuensi dengan menjadi tahanan politik.
Setelah rezim Orde Baru mulai berkuasa, Sukarni dibebaskan dari penjara. Ia meninggal pada 7 Mei 1971 saat menjabat sebagai anggota Dewan Pertimbangan Agung (DPA).***