Namun setibanya di sana, ternyata Raja Mengwi ayahanda dari Raden Amangkuningrat ternyata sudah meninggal dan hanya bisa bertemu dengan ibu tirinya.
Sehingga timbulah kesalahpahaman yang memunculkan perintah bagi Raden Amangkuningrat untuk pergi ke Pantai Seseh. Namun saat menjalani perintah tersebut Raden Amangkuningrat meningal dunia.
Konon sebelum meninggal, Raden Amangkuningrat meminta kepada para pengikutnya untuk membuat makam dan meru atau merajan yang diletakkan sekitar 15 meter dari lokasi makam.
Kemudian meru atau merajan ini kemudian dinamakan Pura Ratu Mas Sakti. Seiring zaman banyak peziarah yang mengunjugi lokasi ini baik Hindu, Budha, maupun Islam.***