Fatahillah sebagai pendiri Jayakarta pun diangkat menjadi Bupati atas persetujuan Sultan Demak dan Sultan Trenggono.
Hingga akhir hayatnya, Fatahillah menyebarkan agama Islam di Jayakarta dan mendirikan masjid yang letaknya berhadapan dengan keraton.
Pangeran Fatahillah wafat pada tahun 1570 dan dimakamkan di Astana Gede, Cirebon. Makamnya bersebelahan dengan makam Sunan Gunung Jati.
Beberapa peninggalan dan warisannya masih bisa dilihat di Museum Fatahillah yang dibangun di atas bekas Istana Fatahillah, bekas balai Kota Batavia.
Keberanian dalam memperjuangkan kemerdekaan dan kejayaan Demak menjadikannya salah satu pahlawan nasional Indonesia yang dihormati dan dikenang sebagai pendiri Kota Jakarta.
Nama Fatahillah yang berperan besar dalam perkembangan Kota Jakarta juga dikenang menjadi nama jalan hingga nama gedung di Ibu Kota Indonesia.***