Namun dikatakan, perkembangan Bangkalan bukan berasal dari legenda tersebut, melainkan diawali dari sejarah perkembangan Islam pada masa pemerintahan Panembahan Pratanu yang bergelar Lemah Dhuwur.
Ia adalah anak Raja Pragalba, pendiri kerajaan kecil yang berpusat di Arosbaya, sekitar 20 km ke atas utara dari kota Bangkalan.
Panembahan Pratanu diangkat sebagai raja pada 24 Oktober 1531 setelah ayahnya, Raja Pragalba wafat.
Jauh sebelum pengangkatan itu, ketika Pratanu masih dipersiapkan sebagai pangeran, dia bermimpi didatangi orang yang menganjurkan dia memeluk agama Islam.
Mimpi tersebut diceritakan kepada ayahnya yang kemudian memerintahkan Patih Empu Bageno untuk mempelajari Islam di Kudus.
Bangkalan berkembang mulai tahun 1891 sebagai pusat kerajaan dari seluruh kekuasaan di Madura.
Kerajaan Bangkalan pada masa itu dipimpin oleh Pangeran Tjakraningrat II yang bergelar Sultan Bangkalan II.
Pangeran Tjakraningrat diceritakan telah banyak berjasa membantu Belanda mengembalikan kekuasaan Belanda di beberapa daerah di Nusantara bersama tentara Inggris.
Berkat jasa Tjakraningrat II, Belanda memberikan izin untuk mendirikan militer yang disebut ‘Corps Barisan’ dengan berbagai persenjataan resmi modern.
Bangkalan pada masa itu menjadi wilayah penuh dengan persenjataan modern yang berasal dari Belanda, hingga dikatakan sebagai gudang senjata dan gudang bahan-bahan peledak.
Perkembangan Kerajaan Bangkalan yang pesat justru mengkhawatirkan Belanda, meskipun kekuatan kerajaan tersebut bersumber dari hasil pemberian Belanda atas jasa Tjakraningrat II.
Belanda kemudian berencana untuk menghapus Kerajaan Bangkalan yang dipimpin oleh Raja Tjakraningrat II demi keamanan kekuasaan.