Sepeninggalan Mbah Syafi'i, pondok pesantren yang didirikannya dilanjutkan oleh menantunya, Kyai Abu Darda, suami Nyai Rogoniah binti Kyai Syafi'i.
Kepengurusan ponpes pun berlanjut kepada cucu dan cicit keturunan Kyai Syafi'i Pijoro Negoro.
5) Ulama besar santri ponpes Kyai Syafi'i
Kyai atau ulama besar nusantara yang pernah menjadi santri di ponpes Kyai Syafi'i Pijoro Negoro Semarang yaitu Mbah Sholeh Darat.
Selain itu, ada Kyai Mas'ud, pengasuh ponpes Darul Amanah Sukorejo hingga Kyai Zamhari, pengasuh ponpes Darunnajah Bogor.***