Peristiwa ini menyebabkan hilangnya ribuan kaum intelektual dan pemuka agama yang melemahkan kekuatan spiritual dan intelektual Kesultanan Mataram Islam hingga membawanya kepada kemunduran.
Pembantaian ulama ini pun merupakan salah satu faktor yang mempercepat kemunduran Kesultanan Mataram Islam.
Kejadian ini menjadi titik balik dalam sejarah Kerajaan Mataram Islam.
Akibat kurangnya kepercayaan rakyat terhadap kerajaan semakin menipis dan kekuatan kerajaan semakin melemah.
Selain itu, tindakan kejam Amangkurat I yang makin menyengsarakan rakyat juga memicu berbagai pemberontakan di berbagai daerah.
Salah satu pemberontakan yang paling terkenal adalah pemberontakan Trunajoyo yang berhasil menggulingkan Amangkurat I dari tahta.
Amangkurat I pun meninggal dalam pelarian pada tahun 1677.
Pembantaian ribuan ulama oleh Amangkurat I merupakan salah satu peristiwa paling kelam dalam sejarah Indonesia yang menjadi titik balik kemunduruan Kesultanan Mataram Islam.
Kisah Amangkurat I dan pembantaian ulama ini kerap dijadikan bahan kajian dalam berbagai disiplin ilmu, yang menjadi pelajaran berharga, tentang pentingnya seorang pemimpin yang menjunjung tinggi nilai-nilai kemanusiaan dan berpihak kepada rakyat.***