Amangkurat I yang cenderung berpihak pada Belanda, tidak mementingkan hubungan masyarakat, yang dianggap sebagai pengkhianatan dan para ulama menilai tindakannya sudah menyimpang dari ajaran Islam, karena bekerja sama dengan orang kafir.
Amangkurat dengan liciknya memerintah 4 orang kepercayaan yakni Pangeran Aria, Tumenggung Suranata, Tumenggung Nataairnawa, dan Ngabehi Wirapatra untuk melibas pemuka agama di seluruh Mataram.
Atas perintah Amangkurat I, ribuan ulama dan keluarga mereka dikumpulkan di Alun-Alun Plered.
Tanpa ampun, sekitar 6.000 ulama beserta keluarganya dibantai secara keji.
Menurut HJ de Graf, pembantaian massal ini dilakukan dalam waktu yang sangat singkat.
Hanya dalam waktu 30 menit orang-orang suruhan Amangkurat I membuat alun-alun berdarah dan ribuan nyawa pun melayang.
Termasuk Pangeran Alit yang menjadi korban dalam pembantaian sadis tersebut.
Setelah pembantaian massal selesai dilakukan, Amangkurat I kemudian muncul, berlagak terkejut dengan peristiwa yang dilihatnya di Alun-Alun Plered.
Padahal semua itu adalah rencananya sendiri.
Amangkurat I lantas meluapkan amarahnya dan menuding para ulama bersalah atas kematian Pangeran Alit, adiknya.
Delapan orang yang dituduh sebagai pelaku pun dipaksa mengaku hingga mendapat hukuman mati.
Pembantaian ulama ini menimbulkan dampak yang sangat besar bagi Kesultanan Mataram Islam.