Gapura yang dibangun di area makam Sunan Bejagung Lor ini justru sebaliknya, berukuran kecil, rendah, dan sempit.
Gapura tersebut dibangun dengan sedemikian rupa dengan maksud sebagai isyarat untuk para santrinya agar senantiasa menunduk.
Menunduk di sini bermaksud agar selalu menjaga kesopanan berperilaku, kesantunan dalam berbahasa, tawaduk, serta mawas diri.
Sementara di sisi selatan area makam, terdapat sumur yang juga dikeramatkan.
Sumur yang dikenal dengan sumur Wali ini memiliki kedalaman 40 meter dan usianya ditaksir kini telah ribuan tahun.
Sumur ini dulunya sengaja dibangun Sunan Bejagung Lor saat di daerahnya kala itu mengalami kekeringan.
Selain itu, sumur ini juga dipercaya mampu menyembuhkan penyakit, bahkan penyakit dalam yang tak terdeteksi oleh medis.
Untuk berkunjung ke sumur Wali ini juga tidak bisa sembarangan, ada beberapa prosedur yang harus dilakukan oleh pengunjung terlebih dahulu.
Hal pertama yang harus dilakukan pengunjung yaitu harus membeli bunga yang kemudian diserahkan kepada pihak yang bertugas.
Selanjutnya, pengunjung harus memberi infak seikhlasnya, kemudian air yang diambil dari sumur Wali tersebut akan dicampur dengan bunga oleh pihak yang bertugas.
Konon ada hari-hari yang diyakini baik untuk mengunjungi sumur Wali ini. Warga sekitar percaya, bahwa hari Kamis Pon Malam Jumat Wage adalah hari baik untuk berkunjung ke sumur Wali.
Atas hal tersebut, makam Sunan Bejagung Lor juga dipadati para peziarah setiap hari Kamis Pon Malam Jumat Wage.***