Salah satu murid Kiai Kholil yang terkenal adalah K.H. Hasyim Asy'ari yang mendirikan Pondok Pesantren Tebuireng di Jombang, dan penggagas Nahdlatul Ulama (NU) yang kini jadi organisasi islam terbesar di Indonesia.
Syekh Kholil wafat pada tahun 1925. Warisan keilmuannya terus hidup melalui murid-muridnya dan lembaga-lembaga pendidikan pesantren di Bangkalan masih berdiri hingga hari ini dan terus menjadi pusat pendidikan Islam yang berpengaruh di Indonesia.
Syekh Kholil Bangkalan hingga kini dikenal sebagai Bapak Pesantren Indonesia. Sosoknya sebagai mahaguru ulama Nusantara yang berperan besar dalam perkembangan Islam menjadi teladan dan inspirasi bagi banyak generasi ulama serta para santri di Indonesia.***