Dengan kata lain, Syekh Kholil mewarisi keturunan Sunan Gunung Jati dari Sayyid Sulaiman yang merupakan cucu dari Sunan Gunung Jati.
Dibesarkan dalam lingkungan keluarga ulama yang sangat religius, Syekh Kholil sejak kecil telah menunjukkan ketertarikan besar terhadap ilmu agama Islam.
Sejak kecil, Syekh Kholil mulai belajar Al-Qur'an dan ilmu-ilmu dasar Islam di bawah bimbingan ayahnya.
Ia kemudian melanjutkan pendidikannya ke berbagai pesantren di Jawa dan Madura, bahkan menuntut ilmu sampai ke Mekah, Arab Saudi.
Syekh Kholil melanjutkan pendidikan ke Mekah setelah menikah pada tahun 1859. Ia berguru ilmu agama Islam lebih dalam kepada Syekh Nawawi al-Bantani hingga dikenal beberapa ulama ternama di Arab Saudi.
Ketekunannya dalam menuntut ilmu dan sifat rendah hati serta kebiasaan gaya hidupnya yang sangat sederhana, menjadikan Syekh Kholil sosok yang menginspirasi para sahabatnya.
Syekh Kholil juga sering menulis beberapa buku yang hingga kini menjadi kitab referensi dalam kajian ilmu fiqih, karena karyanya yang lebih lugas dan mudah dipahami masyarakat awam.
Setelah beberapa tahun memperkaya wawasan dengan mendalami ilmu tafsir, fiqih, tasawuf dan hadits di Mekah, Syekh Kholil kemudian pulang kembali ke Tanah Air.
Syekh Kholil sempat bekerja di kantor Adipati Bangkalan sepulang dari tanah suci sebelum dan mendirikan pesantren di Bangkalan. Tujuannya, ia ingin membangun sinergitas antara ulama dan para pemimpin.
Syekh Kholil membangun hubungan sinergis antara ulama dengan para pemimpin di daerahnya, sehingga membawa syiar Islam semakin mudah diterima masyarakat luar.
Berkat jasanya menjadi penasehat pemerintahan, Syekh Kholil mendapatkan hadiah tanah dari Adipati Bangkalan yang kemudian didirikan pesantren di atasnya.
Pesantren yang berada di Jangkebuan, Bangkalan, Madura itu kini jadi salah satu pusat pendidikan Islam yang menarik banyak santri dari berbagai daerah di Indonesia.
Syekh Kholil juga melahirkan ulama-ulama besar Nusantara yang menjadi pionir lahirnya pesantren besar di Jawa dan Madura.