Selain itu masjid ini memiliki konsep catur gatra tunggal atau empat kesatuan yakni keraton, masjid, alun-alun dan pasar.
Sementara itu di sekeliling keraton juga dikelilingi oleh benteng dari batu yang sangat tebal, hal itu terkait dengan nasehat Sunan Kalijaga agar diberi pagar sebagai bentuk tawakal kepada Allah untuk melindungi dari serangan musuh.
Selain dikelilingi benteng, sekitar masjid ternyata juga dikelilingi oleh saluran air sebagai konsep bahwa arsi Allah itu ada di atas air yang berfungsi sebagai tempat bersuci sebelum masuk masjid.
Sedangkan pada bagian interior terdapat satu ukiran kayu berbentuk daun kluwih yang merupakan lambang utama Mataram di mana daun kluwih mengandung makna kaluwihan sebagai representasi bahwa segala kelebihan itu hanya milik Allah.***