Sampai pada akhirnya pada tahun 1589, Panembahan Senopati kemudian mendirikan Kerajaan Mataram Islam dan mengangkat dirinya sebagai Panembahan Senopati Ing Alaga Sayidin Panatagama.
Berdirinya Masjid Gedhe Kotagede
Kisah awal pembangunan Masjid Gede Mataram ini bermula pada tahun 1589 ketika Panembahan Senopati selaku pendiri Mataram Islam memerintahkan pembangunan sebuah masjid sebagai bangunan pertama yang dibangunnya.
Di mana masjid ini nantinya akan berfungsi sebagai tonggak utama penyebaran serta pengembangan agama Islam di wilayah tersebut.
Setelah masjid tersebut terbangun maka kemudian juga berdiri komplek keraton serta makam.
Makam tersebut merupakan makam dari Panembahan Senopati, Penambahan Selo Krapyak dan Sri Sultan Hamengkubuwono II.
Keberadaan makam Sultan Hamengkubuwono II di Kerajaan Mataram islam terkait dengan adanya perang Diponegoro sehingga Hamengkubuwono II tak bisa dikebumikan di Imogiri yang saat itu masih dikuasai Pangeran Diponegoro.
Awalnya masjid ini dibangun secara sederhana dengan kayu dan bambu hingga saat Kesultanan Mataram Islam oleh Sultan Agung Hanyakrokusumo, yang menjadi sultan ketiga Mataram Islam pada tahun 1625-1646 M masjid ini kemudian direnovasi dengan tembok dan juga lantai keramik.
Arsitektur dan interior Masjid Gede Mataram
Masjid Gede Mataram ini memiliki arsitektur yang unik dengan percampuran gaya Hindu-Jawa dan juga Islam.
Hal itu ditunjukkan pada bagian bawah masjid bergaya Islam. sementara bagian atap dengan nuansa Hindu yang mirip candi dengan limasan pada serambi dan model tajug bersusun tiga pada ruang utama.
Sementara di ruang dalam masjid terdapat 4 soko guru sebagai tiang utama dengan atap mengembang seperti payung.
Masjid ini terdiri dari bangunan induk dan maksura sebagai tempat pengamanan raja saat sholat.