Kuburannya lalu dibongkar, dan saat isinya akan diganti bangkai anjing ternyata hanya ditemukan sekuntum melati yang wangi.
Akibat beragam versi dan kontroversi mengenai kematiannya, tidak ada yang mengetahui secara pasti, di mana posisi makam Syekh Siti Jenar. Sejumlah versi menyebut letaknya berada di Cirebon, Mantingan/Jawa Tengah, Jepara, hingga Tuban.***