3. Keris untuk Eksekusi Kepunyaan Sunan Gunung Jati
Jika versi pertama tadi menyebut keris yang dipakai merupakan milik Syekh Datuk Kahfi, berbeda dengan versi ini.
Menurut Babad Tjerbon, keris ini aslinya milik Sunan Gunung Jati yang dipinjam oleh Sunan Kudus khusus untuk mengeksekusi Syekh Siti Jenar.
4. Dihukum Mati Bukan karena Kesesatan Ajarannya
Berdasarkan Serat Siti Djenar (1922), Syekh Siti Jenar dihukum mati bukan karena kesesatan ajaran.
Ia dipercaya dieksekusi karena kesalahannya mengajarkan ajaran itu ke masyarakat umum secara terbuka.
5. Tidak Dibunuh oleh Wali Songo
Versi ini diyakini oleh para pengikut Tarekat Akmaliyah. Mereka percaya bahwa Syekh Siti Jenar tidaklah dibunuh.
Hanya ajarannya yang "dibunuh" alias tidak boleh disebarluaskan.
6. Kuburannya Dibongkar dan Isinya Diganti Anjing
Menurut Historiografi Jawa Tengah, tempat pengadilan dan eksekusi Syekh Siti Jenar berada di Masjid Demak.
Dikisahkan pula bahwa mayatnya diganti dengan bangkai anjing.
7. Jenazahnya Berubah Menjadi Sekuntum Melati yang Wangi
Menurut Historiografi Cirebon, ada sedikit perbedaan dari versi Jawa Tengah.
Tempat pengadilan dan eksekusinya berada di Masjid Sang Cipta Rasa di Keraton Kasepuhan.