Namun, cerita yang cukup menggemparkan saat tiba-tiba air sumur naik di tahun 2004 seolah menjadi pertanda akan ada bencana alam yang berhubungan dengan air.
Kisah keramat makam Syekh Ahmad Kholil juga dikaitkan dengan naiknya air sumur yang jadi alarm akan terjadi gempa dan gelombang Tsunami Aceh 2004.
Beberapa waktu setelah air sumur itu naik dan kembali seperti semula, terjadi Tsunami dahsyat yang melanda Aceh tahun 2004.
Naiknya debit air sumur di makam Syekh Ahmad Kholil Tuban kembali terjadi di tahun 2006 yang jadi alarm setelahnya terjadi gempa besar yang melanda Yogyakarta.***