KH. Muhammad Shiddiq menikah dengan istri pertamanya bernama Nyai Masmunah binti Wiryodikromo pada tahun 1847, hubungan keduanya membuahkan 7 keturunan, namun 3 di antaranya wafat.
Nama-nama keturunan KH.Muhammad Shiddiq dengan Nyai Masmunah binti Wiryodikromo di antaranya Siti Masruah, Aisyah, Abdul Karim, Masrur atau KH. Masrur Tuban, Nyai Siti Roichanah Lasem, KH. Achmad Qusyairi, dan KH. Mahmud.
Kemudian, Mbah Shiddiq menikah dengan Nyai Siti Aminah binti KH. Abdus shamad, namun pernikahan mereka tidak dikaruniai keturunan.
Selanjutnya, pernikahan ketiga mbah Shiddiq dengan Nyai Maryam atau Nyai Zakiyah dikaruniai sembilan keturunan, tetapi diketahui beberapa di antaranya telah meninggal dunia.
Nama keturunan Mbah Shiddiq dengan Nyai Zakiyah yakni Abdullah, Khadijah, Muhammad, Ahmad Muhammad, Muhammad Mahfudh, KH. Abdul Halim, Zainab, KH. Abdullah Shiddiq.
Terakhir, pernikahan keempat Mbah Shiddiq dengan Nyai Mardhiyah, memiliki 9 keturunan yang mana diceritakan 8 di antaranya meninggal dunia sewaktu kecil.
Nama-nama keturunan Mbah Shiddiq dengan Nyai Mardhiyah yakni Abdurrochim, Ummu Athiyah, Muhammad Sholeh, Sakinah, Maskunah, Muhammad, Asiyah, serta Shafiyah, yang masih hidup adalah Nyai Hj. Zulaikho’
Sebagian ulama besar mengatakan, Mbah Shiddiq Jember disebut sebagai ulama yang memiliki ilmu dan keikhlasan yang tinggi ketika menyebarkan ajaran Islam di Jember.
Menurut cucunya yakni KH. Hadi Achmad, ribuan kiai yang tersebar di berbagai penjuru Nusantara memiliki sanad keilmuan dengan Mbah Shiddiq.
Selain itu terdapat bukti keberhasilan Mbah Shiddiq melakukan dakwah ajaran Islam di jember yakni berupa bangunan masjid, pesantren, dan lembaga pendidikan yang ada di Jember.***