Hingga saat ini, peralatan ibadah masyarakat saat itu masih terpelihara dengan baik, berupa bedug besar serat Al-Qur'an tulisan tangan serta lampu berbahan bakar minyak.
Terdapat juga mimbar yang masih asli serta terdapat bendera merah putih berbentuk segitiga yang menancap pada mimbar, hal itu juga menunjukkan bahwa pada tahun 1664 itu bendera merah putih sudah ada.
Selain itu juga terdapat alat pembakaran kemenyan, timbangan zakat fitrah tempo dulu serta tongkat khotbah yang dibawa dari Arab.
Awalnya Masjid Wapauwe beratap pelepah sagu namun kemudian di renovasi dan diganti dengan yang baru sehingga samoai saat ini atap Masjid Wapauwe masih berubah atap dari pelepah sagu.
Kini Masjid Wapauwe menjadi masjid bagian dari cagar budaya Nusantara yang tetap dijaga kelestariannya oleh pemerintah hingga saat ini.***