Saat itu, kedua Wali Songo tersebut sedang berada di atas perahu di tengah lautan.
Selain asal usulnya, kisah kematian hingga makam Syekh Siti Jenar juga penuh dengan misteri.
Ada yang menyebutkan makam sosok yang dikenal dengan ajaran Manunggaling Kawula Gusti ini berada di Tuban.
Namun ada juga yang menyakini makam Syekh Siti Jenar berada Cirebon dan Jepara.
Begitu juga dengan kisah kematiannya yang memiliki beberapa versi.
Konon Syekh Siti Jenar dihukum mati oleh Sunan Kudus di Masjid Sang Cipta Rasa, Cirebon dan dimakamkan tak jauh dari sana.
Sumber lain juga menceritakan Syekh Siti Jenar dibunuh oleh Sunan Kudus di Masjid Agung Demak yang berada 45 km dari Jepara.***