Malaysia yang baru merdeka ini hanya bisa bersiap menghadapi ancaman besar dari tetangga yang dulu dianggap saudara.
Ketegangan mereda ketika Indonesia dilanda isu penculikan oleh PKI, yang menyebabkan Soekarno lengser dari jabatan presiden.
Konflik ini secara resmi berakhir melalui Persetujuan Bangkok pada 11 Agustus 1966.
Kesepakatan ini mencakup tiga poin: rakyat Sabah dan Sarawak diberi kesempatan untuk memilih posisi mereka di Malaysia, pemulihan hubungan diplomatik antara Indonesia dan Malaysia, dan penghentian tindakan permusuhan.
Indonesia dan Malaysia resmi berdamai kembali pada 11 Agustus 1966.
Hubungan kedua negara kembali harmonis, dan Indonesia kembali menjadi anggota tidak tetap PBB pada 28 September 1966.
Keakraban ini pernah dirayakan dengan acara syukuran pada tahun 1981.***