Lembaga penyelenggaraan Islam di Jawa telah dibawa secara mendalam oleh para ahli dari lembaga-lembaga pesantren.
Itulah asal usul sejumlah manuskrip tentang pengajaran Islam di Asia Tenggara yang tersedia secara terbatas.
Pesantren menjadi salah satu hal yang sangat penting tatkala pelembagaan berjalan sedemikian rupa pada abad ke-20.
Muncullah berbagai pesantren yang menjadi lembaga untuk pengembangan Islam dalam segala sistem pembelajaran dan pengajaran yang khusus yaitu sorogan, kotoran, dan bandongan.***