Dikutip dari buku Atlas Wali Songo karya Agus Sunyoto, pembunuhannya terjadi di dalam Masjid Sang Cipta Rasa pada tahun 1505.
Syeikh Siti Djenar dibunuh oleh Sunan Kudus dengan menggunakan keris milik Sunan Gunung Jati.
Menurut Historiograf Cirebon, Syeikh Siti Djenar dihukum mati di mihrab Masjid Sang Cipta Rasa.
Walau begitu, ada juga versi lain yang menyebutkan Syekh Siti Djenar dibunuh di Masjid Demak.
***