Fretilin yang pro-kemerdekaan, UDT yang mendukung integrasi dengan Indonesia, dan Apodeti yang menginginkan otonomi dalam bingkai Indonesia.
Konflik bersenjata pecah pada Agustus 1975 antara Fretilin dan aliansi UDT-Apodeti yang didukung oleh militer Indonesia.
Fretilin berhasil menguasai sebagian besar Timor Leste dan memproklamasikan kemerdekaan sebagai Republik Demokratik Timor Leste (RDTL) pada 28 November 1975.
Menanggapi langkah Fretilin, Indonesia melancarkan invasi militer pada 7 Desember 1975, dengan alasan untuk membantu rakyat Timor Leste yang menginginkan integrasi dengan Indonesia.
Invasi ini dilakukan tanpa persetujuan PBB dan memicu kecaman internasional.
Pada 17 Juli 1976, Indonesia secara resmi mendeklarasikan Timor Leste sebagai provinsi ke-27 dengan nama Timor Timur.
Meskipun deklarasi ini tidak diakui oleh PBB dan banyak negara lain, Indonesia tetap melanjutkan pendudukannya.
Selama dua dekade berikutnya, Indonesia menghadapi perlawanan keras dari gerakan kemerdekaan yang dipimpin oleh Xanana Gusmão dan Jose Ramos-Horta.
Didukung oleh rakyat Timor Leste dan organisasi internasional seperti Amnesty International dan Human Rights Watch.
Krisis ekonomi dan politik di Indonesia pada akhir 1990-an membuka peluang bagi reformasi.
Pada 1998, Presiden Soeharto digantikan oleh B.J. Habibie, yang menawarkan otonomi khusus untuk Timor Leste.
Namun, tawaran ini ditolak oleh mayoritas rakyat Timor Leste yang menginginkan kemerdekaan penuh.