Menurut situs Setneg.go.id, bendera pusaka disimpan di Gedung Sekretariat, Jakarta Pusat.
Bendera pusaka disimpan dalam sebuah kotak kaca antipeluru berukuran 300x225x25 cm.
Namun pada tahun 2017, dalam rangka Kemerdekaan Indonesia, bendera pusaka dipindahkan ke Monumen Nasional (Monas).
Bendera pusaka diletakkan di samping naskah asli Proklamasi di Ruang Kemerdekaan, Monas.
Di ruangan ini, bendera pusaka dipajang dengan cara dibentangkan dan diletakkan dalam kotak kaca antipeluru setebal 12 cm.
Tak hanya itu, kotak kaca tempat menyimpan bendera pusaka juga dilengkapi dengan pengatur suhu, kelembapan hingga memiliki sensor asap.
Lokasi penyimpanan bendera pusaka ini juga dijaga 24 jam oleh pengawalan yang terdiri dari gabungan TNI dan Polri.***