1. Asalnya dari Cacing
Versi ini paling populer karena telah diangkat dalam film yang yang ditayangkan di rezim Orde Baru. Berdasarkan Babad Demak dan Babd Tanah Jawi, asal-usul Syekh Siti Jenar adalah seekor cacing yang berubah menjadi manusia setelah mendengar wejangan rahasia Sunan Bonang kepada Sunan Kalijaga di atas perahu di tengah laut.
2. Putra Sunan Gunung Jati
Menurut naskah tulisan tangan milik Raden Ngabehi Soeradipoera yang dikutip D.A. Rinkes dalam bukunya The Nine Saint of Java (1996) disebutkah bahwa Syekh Siti Jenar merupakan putra Sunan Gunung Jati yang bernama Abdul Jalil.
3. Seorang Tukang Sihir
Ada lagi versi yang menyebut bahwa Syekh Siti Jenar merupakan seorang tukang sihir bernama San Ali Anshar. Ia tidak diterima sebagai murid oleh Sunan Giri, tetapi berupaya memperoleh rahasia ilmu darinya. Sumber ini berasal dari Serat Walisana.
4. Putra Ratu Cirebon
Banyak penganut Tarekat Akmaliyah yang meyakini bahwa Syekh Siti Jenar adalah putra dari Ratu Cirebon. Ia mendapatkan tugas menyebarkan Islam dengan membuka pedukuhan-pedukuhan dinamai Lemah Abang, tersebar dari wilayah Banten hingg Banyuwangi.
5. Kelahiran Malaka
Berdasarkan naskah Wangsakertan Cirebon: Negar Kretabhumi, Sarga III pupuh 76, Syekh Siti Jenar lahir di Malak dengan nama Abdyul Jalil. Ia merupakan sepupu Syekh Datuk Kahfi dan putra Syekh Datuk Shaleh.
6. Keturunan Nabi Muhammad SAW
Dari naskah Wangsakertan: Pustaka Rajya-rajya Bhumi Nusantara, jilid V:II-2, Syekh Siti Jenar punya garis keturunan Nabi Muhammad SAW. Garis tersebut diturunkan melalui Fatimah dan Ali bin Abi Thalib, turun ke Husein, lalu ke Ali Zainal Abidin, turun ke Jakfar Shadiq, hingga ke Maulan Abdul Malik yang tinggal di Bharata Nagari.
Begitu banyak kontroversi tentang asal-usul Syekh Siti Jenar, tetapi yang paling penting adalah bagaimana sosok dan pengaruh ajarannya memperkaya khazanah sejarah dan keilmuan di bumi Nusantara.***