Karena memutuskan maju Pilkada, Ia kemudian di-PAW dari keanggotaannya sebagai DPR RI.
Babak baru kehidupan Marissa di dunia politik pun dimulai.
Diketahui, saat itu, Pilkada Banten 2006 diikuti empat pasangan calon. Mereka adalah Tryana Sjam'un-Benyamin Davnie, Ratu Atut Chosiyah-Mohammad Masduki, Irsyad Djuwaeli-Mas Achmad Daniri dan Zulkieflimansyah-Marissa Haque.
Zulkieflimansyah berpasangan dengan Marissa Haque sebagai calon Gubernur dan wakil Gubernur Banten yang didukung PKS dan Partai Sarikat Indonesia.
Dalam kontestasi tersebut, Pasangan Zulkifli-Marissa mampu meraup 1.188.195 suara.
Sayangnya, perolehan suara itu tak lebih tinggi dari Ratu Atut-Masduki dengan angka 1.445.457 suara.
Praktis Marissa kalah dan Ratut Atut dilantik menjadi Gubernur Banten periode 2007-2012.
Namun, kekalahan tersebut tak membuat Marissa diam. Ia melaporkan Ratu Atut atas tuduhan ijazah palsu.
Baca Juga: Apa Istilah ‘Kamseupay’ yang Pernah Viral dan Dipopulerkan oleh Marissa Haque? Inilah Asal-usulnya
Marisa juga meminta pengadilan untuk membatalkan hasil pemilihan karena dinilai cacat hukum.
Tak mau tinggal diam, Ratu Atut membuat laporan balik atas Marissa ke Reskrimum Poda Metro Jaya pada 12 Maret 2008.
Pengacara Ratu Atut, OC Kaligis membawa sejumlah bukti berupa ijazah yang dikeluarkan Universitas Borobudur pada tahun 2005.
Baca Juga: Marissa Haque Meninggal, Istri Ikang Fawzi Sempat Update di Instagram Masih Segar Bugar